MZML是一种质谱数据格式,用于存储和分享质谱实验数据。它是由Proteomics Standards Initiative (PSI)的Mass Spectrometry (MS)工作组开发的开放标准。
在MZML文件中,质谱数据以数组的形式存储。每个数组都包含了质谱扫描的相关信息。常见的数组包括质量/电荷比(m/z)数组、强度/丰度(intensity)数组等。
质荷比数组中的某个质荷比值可以在多个扫描数组中出现。这是因为在一次质谱实验中,同一个离子可能会被多次扫描到,从而生成多个相应的质谱扫描数组。
一级质谱图实际上是所有mass level为1的质荷比数组和丰度数组的集合,可以理解为将所有扫描的质谱数据叠加在一起进行展示。
在定性和定量分析中,需要关注的重点数据主要有以下几个:
1. 质谱峰(peak)的质量/电荷比和丰度信息,可以通过质谱峰的面积或峰高来评估物质的相对丰度。
2. 质谱峰的峰宽和峰型信息,可以用于判断峰的形状和分辨率,这对于精确测定质谱峰的位置和定性分析非常重要。
3. 质谱峰的扫描时间或扫描起始时间,可以用于确定质谱峰的出现时间和持续时间。
4. 质谱峰的信噪比(Signal-to-Noise Ratio, SNR),可以用于评估质谱峰的可靠性和准确性。