在一段兵刃相交的动画中，出战一个黑影，神剑机的架空历史的冒险故事正式开始。说明书附带了故事背景。
西历20XX年，古代相传人的灵魂力量可以呼唤及控制神剑的灵魂。经过科学家多年研究，成功将剑魂之力注入机械科技之中。由于开发中发生意外事故，其中一个数百年前已被消灭的魔王天草四郎时贞的剑魂被唤醒！魔王天草四郎控制了科学研究员，其邪恶的野心企图控制世界！《数码神剑机》的持有者就是被挑选的勇士们，去制止魔王，拯救世界！（摘抄于攻略书）
玩家可在《二刀流·宫本武藏》、《天才剑士·佐佐木小次郎》与《风魔党党首·风魔小太郎》中选择一个角色作为一周目使用的主角。
该机子还有个《转生时间》的设定，意思是不同的剑士来到现代的生存时间是由转生时间决定的（就是一开始那个一直跳动的数字），当转生时间结束后，剑士便会回复初期状态。（摘抄于攻略书）然而笔者在游玩中完全没有发现这个所谓的设定对角色的影响，大概只是一个噱头罢了。
在待机界面按下确认键会进入菜单页面。菜单是由5个逆时针跳动的选项组成的扁形罗盘。分别是①STORY故事模式。②TRAIN训练模式。③SWORD刀剑选择模式。④BATTLE对战模式。⑤CHECK能量查核模式。
关于STORY故事模式：以打倒魔王天草四郎为目标的故事模式（三个魔界都市）。这里有个要注意的地方，一周目是没有难度也没有地图可以选的。进入二周目可以选择别的角色进行游玩，但是等级会从0开始（不确定选一周目的人物是否可以继承等级）。而在二周目，才出现真正可以选择的三张地图，分别是魔界都市A、B、C。击败3个盘踞魔城的剑士，才可以挑战魔王天草四郎。
关于TRAIN训练模式：在故事模式中每取得一次胜利即可获得一次训练次数。当持有训练次数便可在TRAIN中选择两项训练提升人物能力。㈠《切！》选项：屏幕会显示一个目标数字，而另一个数字会开始滚动，当你按下确认键，滚动的数字若与目标数字一致，则刀剑锋利度上升1级。而每次战斗之后锋利度会下降1级。㈡《技！》选项：在这里可建立必杀技数字。当数字滚动到想建立的数字时，便按下第一次确认键。之后会多次要求玩家按出一样的数字，直到必杀技建立成功。注意，人物每升1级，才可再建立一个必杀技数字。而必杀技建立越多，要求玩家连续按出相同数字的次数会依次上涨。每次建立必杀技数字会消耗一次训练次数。笔者建议必杀技数字可建立成连码，从11开始连到18，在后期会大大降低游戏难度。
关于SWORD刀剑选择模式：初始只有一把刀剑，随着剧情推进会逐渐获得不同的刀剑。每一把都有不同的属性。甚至还有隐藏刀剑。
关于BATTLE对战模式：三个主角有各自的等级。选择其中一个作为出战的角色后选择使用的刀剑（若只有一把就无需选择）。输入三个战斗数字，随后与另一台神剑机连接进行对战。
关于CHECK能量查核模式：只说几个特殊的项目。WIN：胜利场数。POW：剑士攻击力。SPEED：数字轮盘滚动的速度（数字越高，战斗中数字滚动越快）。SHARP：剑技的能力值。数值越高，锋利度越高，在训练模式中的《切！》可提升该数值。最后一个项目是日语“必杀技数字”。玩家所建立的每一个数字，都会在这里依次被登记，以便随时查阅。
关于人物等级：通过不停战斗获取经验提升等级，不仅血量会大增与攻击力提高，待机界面上下两行的剑魂也会逐渐增多。每次升级后便可再建立多一个必杀技数字。人物等级越高，战斗中数字轮盘滚动的速度越高。
关于推进进度的方法：在故事模式中，通过确认数字轮盘来获得前进步数。一定步数后会遭遇杂兵战。多次杂兵战后会遇到该地图的最终敌人。此时一周目结束，而二周目才是冒险的开始。
关于战斗系统：战斗中，数字轮盘会从00滚动到99，之后又从00开始重新滚动。在滚动的时候按下确认键可获得一个数字，不同数字对应不同的效果。分别有：小斩、中斩、大斩、回复、反击与不算（即失败）几种。该机子没有对波的概念，所以双方释放的剑气不会碰撞抵消。但由于有反击的概念，若一方先攻，另一方选择反击，则会将剑气反弹给先攻方。但若反击的一方先进行了反击，另一方再进行攻击，则反击无效。笔者不建议用反击作为战斗中的技能，效率太差。说明书附带了一张剑技数字分布表，但仅能作为前期的参考。因为人物每次升级，都会导致该分布表的数字对应的效果发生改变。而已经建立的必杀技数字不受影响。
关于部分武器的效果：㈠天手：小、中、大斩的攻击力大幅提升。㈡菊一文字：我方必杀技的攻击力增加而敌人的必杀技攻击力下降。㈢鬼斩：我方使出必杀技会令敌人的数字轮盘滚动的方向逆转。㈣真剑白刃：似乎可以制止对面的攻击？此外貌似还存在着从未曝光的刀剑。
