如题,想问问如何通过DSSP得到蛋白质的氢键总数量?
由于dssp对于氢键的定义如下(当键能<-0.5kcal/mol定义为氢键):
![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=a57394054af3d7ca0cf63f7ec21fbe3c/9f347f3e6709c93d4d9eddccd93df8dcd1005444.jpg?tbpicau=2025-02-26-05_7ed310ecaa28d04d9a123a04dd357571)
Dssp文件格式如下:先给出各种氢键的totalnumber,再给出每个残基对应的键能
![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=cf864b659bc451daf6f60ce386fd52a5/82092834349b033b8fe62fe153ce36d3d539bd47.jpg?tbpicau=2025-02-26-05_cb64899f0bee002c7610e8e8135d2a3c)
其中,N-H-->O的定义:
![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=4f49a73fd10a304e5222a0f2e1c8a7c3/5ed9513d269759ee8f3bb3f0f4fb43166d22df42.jpg?tbpicau=2025-02-26-05_8fecdcb40ea871c842a8d5714e3c6b0b)
我的疑问:
统计方法1:统计了所有键能 < -0.5kcal/mol的键数量(右下角红色的4列键能)
统计方法2:将各种氢键的total number相加(左边蓝色列)
方法1、2答案不同,比如输入某pdb文件,方法1得到202个,方法2得到211个
不知道哪种统计方法更合理?
由于本人化学小白,实在没有相关知识,一头雾水。
求路过的大佬解答,感激不尽!QAQ
由于dssp对于氢键的定义如下(当键能<-0.5kcal/mol定义为氢键):
![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=a57394054af3d7ca0cf63f7ec21fbe3c/9f347f3e6709c93d4d9eddccd93df8dcd1005444.jpg?tbpicau=2025-02-26-05_7ed310ecaa28d04d9a123a04dd357571)
Dssp文件格式如下:先给出各种氢键的totalnumber,再给出每个残基对应的键能
![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=cf864b659bc451daf6f60ce386fd52a5/82092834349b033b8fe62fe153ce36d3d539bd47.jpg?tbpicau=2025-02-26-05_cb64899f0bee002c7610e8e8135d2a3c)
其中,N-H-->O的定义:
![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=4f49a73fd10a304e5222a0f2e1c8a7c3/5ed9513d269759ee8f3bb3f0f4fb43166d22df42.jpg?tbpicau=2025-02-26-05_8fecdcb40ea871c842a8d5714e3c6b0b)
我的疑问:
统计方法1:统计了所有键能 < -0.5kcal/mol的键数量(右下角红色的4列键能)
统计方法2:将各种氢键的total number相加(左边蓝色列)
方法1、2答案不同,比如输入某pdb文件,方法1得到202个,方法2得到211个
不知道哪种统计方法更合理?
由于本人化学小白,实在没有相关知识,一头雾水。
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