时间线是乱的，我们读的顺序一部分跟正常的顺序反着来

黑桐最初是被根源式那种出尘、超越者的气质迷住的。凉宫春日里有一个酱油因为能观测到长门连接的资讯统合思念体所以喜欢上长门，我感觉这两者差不多。
根源之涡是宇宙的客体小a，而根源式是黑桐的客体小a，这对称性很有趣。所以其实黑桐一开始对两仪式的好感就拉满了，但如果仅仅如此，两仪式也就是段誉的神仙姐姐，是承载黑桐梦想的容器。黑桐最终是在和式的交往中喜欢上她本人的，这部分在故事中交待了。
我想你主要是对黑桐为何一开始就那么喜欢两仪式奇怪吧，若用式是大美人去解释实在太庸俗了。

动画的话可以看下杀人考察前的最后黑桐的独白。也可以细看式在拥有双重人格时期与黑桐的纠葛，黑桐对于即便站立于凶杀现场的两仪都极力去相信她未曾杀人，两仪无法理解这种信任一直是拒绝的甚至已经言明要杀了接近她内心的黑桐，但这丝毫不动摇他的执着。因为他深知杀人的分量(作品也探讨了和杀戮的区别)和两仪承受杀人冲动的痛苦(作为活着的表达，但始终未执行)，这个份量也在杀人考察后篇里越加沉重，名场面就是两仪和黑桐各种都担心对方而奔至对方的住所，在住所跟对方通的那次电话，两仪几乎是吼着说的，而黑桐也极力挽回让她不要因冲动而杀了真正的凶手白纯里绪，这样一来两仪的初次“杀人”就给了凶手，她将背负一生的罪孽，此以后无论她是不是杀人都将是人间失格。所以黑桐万分痛惜，也出于爱，他说了最经典的一句台词，式，我一生都不会放开(离开)你!她的罪孽也有他肩负的一部分吧。

看见神仙了，很难不喜欢上