1、有关从天而降的灰尘
珍珠文本提到，古人观察到无论在多高的地方，都会有灰尘飘落，但地壳从未加厚。由此古人猜测地下有什么东西在溶解地壳，于是就发现了虚空流体。
疑点在于，这些从天而降的灰尘到底来自何方？没有任何其他文本提及相关信息，似乎它们仅仅只是用于解释发现虚空流体的契机。
另一个问题是，游戏中实际并没有观察到地壳堆积现象，即使在圣徒时间线，各地图也并未被掩埋。但与之对应的地壳溶解现象极度剧烈，将整个神殿部分都完全溶解。这可能是制作组的疏忽，但仍值得考究。

2、地平论or地球论
游戏有昼夜交替现象，这是地平论难以解释的。然而，光线却永远是从西方照来（想一想地下），说明太阳并没有东升西落。另外，在高处能看见月亮和星星，但它们从不移动，也没有月相改变，同样匪夷所思。
似乎古人也从未发射过卫星，通讯全靠地面信号塔传输，也是地平论的侧面例证。

3、有关虚空蠕虫
这种奇特的生物（？）一直是个谜。它们似乎肩负着“冥河摆渡人”的工作。
虚空蠕虫是除守卫之外唯一需要超度一次以上的生物。
有暗示它们会破坏提取虚空流体的管道，但是否有意为之则无人知晓。
另外，虚空蠕虫的外形同白化利维坦十分相似。

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