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指挥官在指挥室里收到了安洁发来的加密消息，在正确回答出答案“现实”后，指挥官通过安洁之口得到了格里芬的计划——企图诏安“威廉”。并得知安洁并不想逃跑，而是准备破坏格里芬的计划，与“威廉”和帕拉蒂斯做个了断
利用“大公”权限呼叫图160轰炸，成功摧毁帕拉蒂斯大本营阿佛那斯，并抓捕关键人物——“ 威廉”。而新苏特工安娜在被迫接受了帕拉迪斯的人体改造手术之后被确认牺牲（安洁莉娅的意识则被“叛变”的RPK16所代替）
指挥官看望了在医院的克鲁格，在和克鲁格交谈一番后，指挥官坚定了自己的理想。
史塔西主管罗密针对海因里希展开调查，并且释放了克鲁格。
在指挥官乘坐艾莫号押送“威廉”的过程中意外消失，人形全部宕机（“错构之泉”活动）艾尔玛去“夏园”通过其创造者休谟博士留下的后门，关闭了“识底深湖”和“泉眼”（猜测为遗迹接口），并牺牲自己锁死了“夏园”，让指挥官拥有谈判的筹码。
与安洁融合的RPK16（恩布拉）前往法兰克福（“零电荷”活动，与“错构之泉”同时进行）忤逆的其余三人紧随其后，企图阻止恩布拉的行动。帕拉蒂斯想要在法兰克福这个舞台之上，让遗迹技术的成功案例恩布拉作为女主演去演一出戏剧，以期用永生的诱惑，获得对遗迹技术的社会认同甚至是高层的政治帮助。但恩布拉和AK12一起将这出戏剧导向了相反的结果，她让AK12杀死自己粉碎了帕拉蒂斯的企图。
此时位于法兰克福地下借助帕拉蒂斯科技建立的“白区”已投入正常运营。
“阿德刺斯忒亚”行动（“银染显影”活动），由M16，404小队和忤逆小队参与的深入法兰克福的营救行动。奈乐通过自身人脉让人形进入白区。忤逆负责偷袭帕拉蒂斯生产工厂吸引注意，404负责骇入蜂针系统寻找线索，而指挥官被“露尼西亚”绑架，而最后被指挥官解开心结带走。众人突破白区卫戍营包围，但HK416被帕拉蒂斯高级涅托骇入，暂时下线。行动成功解救了位于白区的指挥官和丹德莱（露尼西亚）。
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