安全性
· 核酸大分子安全染料：如 GelRed、SYBR Safe、GeneGreen、SafeRed 等，这些染料经过严格测试，被证明无致突变性或诱变性远远低于传统的有毒核酸染料，对人体和环境相对安全。例如，SYBR Safe 的诱变性比溴乙非啶溴化物低，使用它进行工作比使用溴乙非啶溴化物导致突变的几率更低，可在室温下储存，也无需担心紫外线对眼睛的损伤。

· 有毒核酸染料：以溴化乙锭（EB）为代表，具有强致癌性和诱变性，对人体潜在危害非常大，使用时必须采取严格的防护措施，如佩戴手套和口罩，并在实验结束后妥善处理废弃物，以防止其对实验人员和环境造成危害。
化学结构与性质
· 核酸大分子安全染料：一般是经过改良的油性大分子，分子量通常较大，如 GelRed 是一种二聚体插层染料，具有独特的油性和大分子特点；GeneGreen、SafeRed 等也是油性大分子，其分子量大于 1000 。这些大分子结构使其难以穿透细胞膜进入细胞内，从而降低了对生物体的毒性风险。
· 有毒核酸染料：以溴化乙锭为例，它是一种小分子化合物，具有平面共轭大环结构，这种扁平分子可以轻易地穿透细胞膜，嵌入核酸双链的碱基之间，与 DNA 嵌合形成稳定的复合物，从而影响 DNA 的复制，破坏正常的遗传生理现象。
检测灵敏度

· 核酸大分子安全染料：具有较高的检测灵敏度，如 SYBR Green I 主要结合 DNA，其荧光信号强度与双链 DNA 的数量相关，可以根据荧光信号检测出 PCR 体系存在的双链 DNA 数量；SYBR Gold 的灵敏度是溴化乙锭的 25-100 倍，可检测低至 25pg 的 DNA ；GelRed 的灵敏度也远高于 EB。
· 有毒核酸染料：溴化乙锭的灵敏度足以满足大多数实验室对核酸检测的需求，但与一些新型的安全染料相比，其灵敏度相对较低。
适用范围
· 核酸大分子安全染料：适用范围广泛，可用于琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳中 dsDNA、ssDNA 或 RNA 的染色，也适用于各种核酸检测技术，如 PCR、qPCR、熔解曲线分析等。
· 有毒核酸染料：主要适用于琼脂糖凝胶电泳中核酸的染色，但由于其毒性较大，在一些对安全性要求较高的实验中逐渐被替代。
稳定性
· 核酸大分子安全染料：通常具有较好的稳定性，如 GelRed 的染色液在室温下极为稳定，可以多次反复使用；Evagreen 在正常的储存、操作和 PCR 过程中不会被破坏，在碱性或酸性条件下高度稳定，并可承受反复的冻融循环。
· 有毒核酸染料：溴化乙锭的稳定性较好，但在使用过程中需要注意避免其与皮肤、眼睛等接触，以及防止其泄漏到环境中。
操作便利性
· 核酸大分子安全染料：操作简单方便，如使用 GelRed 进行电泳后染色，只要将染料稀释在 0.1M NaCl 中，并将凝胶置于染色液中，30 分钟后就可以观察，无需脱色和特殊溶液；SYBR Safe 可搭配蓝光透射仪使用，无需担心紫外线对眼睛的损伤，也无需进行脱色等复杂操作。
· 有毒核酸染料：溴化乙锭的操作相对简单，但由于其毒性较大，在使用过程中需要严格遵守操作规程，如佩戴手套、口罩等防护用品，并在通风良好的环境中进行操作。