电子设备内部同样是一个复杂的电磁环境。不同的电路模块、电子元件之间也存在着相互干扰的可能性。以一台电脑为例，电源部分产生的高频噪声可能会通过电源线传导到主板上的其他电路，影响芯片的正常工作；又或者主板上的数字电路和模拟电路之间，如果布局不合理，可能会因为电磁耦合而产生干扰，导致信号失真或出现错误。
EMC 针对系统内部干扰问题，采取了多种有效的解决办法。合理的接地策略是关键之一，如单点接地、多点接地或混合接地方式的选择，要根据设备内部电路的工作频率等因素来确定，以确保地线上的电位稳定，减少因地线回路产生的干扰。此外，通过滤波技术，在电路中添加合适的电容、电感等元件，可以过滤掉不需要的高频或低频干扰信号，保证电路信号的纯净度。还有就是精心的 PCB 布局与布线，将模拟电路和数字电路分区布局，避免信号线的交叉干扰，同时保证高速信号线的特性阻抗匹配，减少信号反射等问题。