道教的玉皇信仰出现于六朝时期。约成书于东晋的道教经典《大洞真经》（全称为《上清大洞真经》）就说道：“玉清文始东王金晖仙公，号曰玉皇道君。”在南朝道士陶弘景编撰的《真灵位业图》中，玉皇列于“玉清”第一神阶右位第十一位，称为“玉皇道君”，第十九位是“高上玉帝”。可见，六朝时“玉皇”与“玉帝”还是两位尊神，地位还不算很尊崇，也不是至尊天神，还没有“玉皇大帝”之称。至于《灵宝斋仪》云：“过去高上玉皇天尊，未来太极天尊，见（现）在元始天尊。”显然是受佛教三世说的影响衍化而来的。
到唐代，玉皇的地位有显著提高。题为李淳风撰的《太玄金箓金琐流珠引序》中提到“上清太平金阙帝晨后圣玄元玉皇上道君”，自注曰：“玉皇帝，大道君是也，主下理十天，封掌兆人，上通上清，为后圣君。”又说：“前圣太上道君称万道之主，号曰虚皇；后圣太上老君称万道之宗，号曰玉皇。”这里玉皇已等同于太上老君，成为“万道之宗”。由于老子是太上老君的化身，唐王朝为了尊祖崇道，曾加封老子为太上玄元皇帝，所以“玄元玉皇”无形中又成为唐王朝的始祖保护神。