御三家 MEGA 进化石,第一段中提到,与大木博士对话之后,即可获得:妙蛙花进化石
水箭龟进化石
喷火龙进化石X(象征着肌肉力量的黑色魔焰)
喷火龙进化石Y(象征着特殊攻击的分叉强化)

一般宝可梦进化石,在击败宝可梦联盟四天王与劲敌之后,回到联盟前台,可以找到一个穿着呆呆兽颜色服装的男孩,与之互动,可以购买进化石。

大针蜂进化石
大比鸟进化石
胡地进化石
呆壳兽进化石
耿鬼进化石
袋兽进化石
凯罗斯进化石
暴鲤龙进化石
化石翼龙进化石超梦进化石,玩家成功捕获超梦之后,出洞窟触发剧情,再回去原来超梦出现的地方,会发现 NPC 少女,与之对战,成功后可以获得:

以及……
