御三家 MEGA 进化石，第一段中提到，与大木博士对话之后，即可获得：
妙蛙花进化石
水箭龟进化石
喷火龙进化石X（象征着肌肉力量的黑色魔焰）
喷火龙进化石Y（象征着特殊攻击的分叉强化）
一般宝可梦进化石，在击败宝可梦联盟四天王与劲敌之后，回到联盟前台，可以找到一个穿着呆呆兽颜色服装的男孩，与之互动，可以购买进化石。
大针蜂进化石
大比鸟进化石
胡地进化石
呆壳兽进化石
耿鬼进化石
袋兽进化石
凯罗斯进化石
暴鲤龙进化石
化石翼龙进化石
超梦进化石，玩家成功捕获超梦之后，出洞窟触发剧情，再回去原来超梦出现的地方，会发现 NPC 少女，与之对战，成功后可以获得：
以及……