一、汉字的读法
一门语言一般是先有口头语言再有书面文字，日语也是如此。在从我国引进汉字之前，日语便有了许多词汇。
如果日本人用自己的话来解释一个汉字的意思，比如
把“水”这个字念作みず，就是所谓的训读（“训”是解释的意思）
如果是日本人模仿当时的汉语而产生的念法，比如
把“水”这个字念作すい，就是所谓的音读（按汉语的读音来念）
无论是哪门语言，人对一样东西的叫法都难免会随时间发生变化。
所以训读和音读都产生了许多变化，有些读法不再使用，有的则沿用至今。
最后造成了今天一个汉字多个读音的局面。
二、相同的意思却用不同的动词表达
拿 知ります、分かります、理解します 举例吧，
三者表达的意思虽然部分重合，但各有侧重，而且与名词的搭配组合方式也不仅相同（比如分かります是自动词，其他两个不是），
所以尽管三者都经常被翻译成“知道”，但它们之间的区别还是需要楼主在“使用和练习”中总结。