软件著作权在高新技术企业认定中有以下重要作用：
1. 作为知识产权的重要组成部分：高新技术企业认定要求企业拥有一定数量的知识产权，软件著作权属于Ⅱ类知识产权，是企业满足知识产权数量要求的重要依据。
2. 体现企业的技术创新能力：软件著作权能够证明企业在软件开发领域的研发实力和创新能力，有助于企业在高新技术企业认定中展示其核心技术和创新成果。
3. 助力科技成果转化：软件著作权的取得可以作为企业科技成果转化的有力证明，表明企业能够将研发成果转化为实际产品或服务，符合高新技术企业认定对科技成果转化能力的要求。