按照城市规划，菜市场在完成功能转移后，面临着改造。在改造的过程中，旧建筑是拆还是不拆？这成为了当地政府需要给出的决策。这不算是一个小议题，中国现在有大量的近现代建筑面临改造和升级，炒得最沸沸扬扬的莫过于上海和深圳提出的“城市更新”，这是一种将城市中不适应现代化生活的地区作必要的、有计划的改建活动。就白云亭的案例来说，菜场周边的居民众多，农贸市场的改造牵扯着周围住户的神经。经过论证和商讨，政府决定不拆旧菜场，而是在原有的基础上进行改造。
这个项目的设计由上海都设建筑设计有限公司和南京市建筑设计研究院共同完成，于 2013 年开始设计，建筑于 2014 年竣工，只有 9 个月的施工周期。改造后的文化艺术中心有多个展馆，包括城市规划展示馆、区级的图书馆、美术馆，还有一个小剧场。
在建筑改造的领域，南京白云亭文化艺术中心探索出了一条很好的出路。但好奇心日报在对都设建筑设计事务所采访时也了解到了建造过程中的遗憾。