天启五年(1625年)正月,后金军攻取了旅顺。[10] 三月,汪文言被审判定罪之后入狱,杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章等大臣被铺入狱,尚书赵南星等被夺官罢职。不久,杨涟等人相继死于狱中。[11] 五月,给事中杨所修上书请求将“梃击案”、“红丸案”、“移宫案”三案编修成书,朱由校同意此事。[12] 不久,阉党追论万历时期辛亥年、丁巳年、癸亥年的三次京察,导致尚书李三才、顾宪成等被罢官。八月,朝廷下令捣毁各地的东林党讲学书院。[13] 兵败辽东的熊廷弼与东林六君子私交不错,这就导致了魏忠贤要对付他。最终,熊廷弼与王化贞同一命运,都被处死,传首九边。[14] 十月,兵部尚书高第担任蓟辽总督,孙承宗不久告老还乡。[15] 之后高第怯战,命关外各城守军拆除防御设施,撤入关内。于是,锦州、右屯和大、小凌河等地城堡均被放弃。唯袁崇焕申明利害,誓守宁远。