卡尔·古斯塔夫决定离开后，他们迅速采取了行动，将收集战利品装满货车，并于11月3日撤离布拉格。

现在布拉格居民终于可以走出城墙，埋葬保卫这座城市的219名阵亡的将士，其中101名是士兵，其余的是武装公民；并有475人受伤。
而期待已久的帝国增援部队于第二天抵达布拉格。

瑞典人付出了近1,200人死伤的代价后逐渐退缩，起于布拉格小城并针对旧城区和新城区的零星攻击一直持续到11月8日，但战斗基本上已经结束。

双方全权代表在查理大桥上的一个木制营房里会面，最终于11月29日达成了停战协议。

瑞典驻军一直待在布拉格小城和城堡区，直到和平协定的条件得到满足才离开。柯尼斯马克在1648年圣诞节前夕离开布拉格，但卡尔·古斯塔夫和维滕贝格留在布拉格城堡庆祝圣诞节。

最后一批瑞典士兵于1649年9月30日离开布拉格。仅在1650年7月，他们才从波希米亚其他地区和摩拉维亚的驻军中撤出。

作为保卫旧城区的奖励，斐迪南三世授予犹太城区的犹太屠夫协会特权，允许在他们的公会标志中使用双尾狮子。
参加过围城战的人都得到了贵族头衔，而学生们也获得了特殊的奖赏。
查理学院从帝国基金那里获得了600万帝国塔勒的款项用于医治病人和伤员。
整个学生军团得到了5,00莱茵古尔登，相当于一个连三个月的薪水。
所有的自由人学生都被提升为贵族，而非自由人学生则受到其主人的保护。
教授现在可以自由购买乡村庄园，他们还获得了一定的税收特权。

为了纪念布拉格被拯救，斐迪南三世下令在老城区的广场上建起玛丽亚圆柱，以表达对圣母玛利亚的感恩之情。但在1918年它被错误地认作奥匈帝国的象征而被拆除。

关于战役的回忆
19世纪科洛雷多墓上竖立了一座纪念碑，纪念他战胜瑞典人的胜利。其德语铭文如下：
"这里埋葬着鲁道夫·科洛雷多伯爵，马耳他骑士团的大修道长，以及保卫布拉格新旧城镇对抗瑞典人的卫士。生于1585年11月15日，卒于1657年1月27日"
在查理大桥上，一个17世纪的拉丁铭文写着：
“在这里休息吧，行者，快乐吧。你可以在这里随意停留，但你会因哥特人（瑞典人）和他们野蛮的暴行而止步。”

伏尔塔瓦河上矗立着不可征服的城市
它由它的人民牢牢守护
瑞典在三十年战争一路凯歌
却在布拉格无功而返
——Sabaton 《1648》

布拉格围城战役科普，就此完结