百度了好多天，关于大运河穿黄，今天才发现一篇好文章：
https://xw.qq.com/partner/vivoscreen/20211126A0AJ09/20211126A0AJ0900?isNews=1
标题是：京杭大运河可以跨越黄河吗？运河实现全程复航，最大困难在山东_腾讯网 (qq.com)
解决了我这几个方面的困惑：
1、京杭大运河并不是在1855年黄河铜瓦厢决口改道之时，就立即南北断航的。改道之后张秋镇建了翻越黄河的阶梯水闸。后来黄河泥沙淤积了临近黄河的大运河河道，才断航。
2、京杭大运河上，本来已有跨越淮河的渡槽，起码可以承载2000吨级的运河船，因为济宁港的最大泊位是2000吨级的。
3、如果在国那里村建穿黄隧道，隧道底海拔28米，净空留10米就能满足运河船通航要求了。（南四湖南端湖底海拔29米，这个隧道能满足南四湖三七分水的条件了；南四湖年径流量35亿，七分的话是24.5亿，水量可以满足黄河以北大运河通航要求了）。
原来只是差钱和决心，并不是客观自然条件达不到。