时间来到690-700年，这个时期就是整个游戏的明线剧情。
A.R.C.挖掘出Vanessa并把她作为精神网路也就是cyTus的主机，该系统也是洗脑程序的媒介，在它完全普及的那天就是全人类被洗脑之时。
Ivy苏醒后发现Vanessa被用来成为精神网路的主机并试图救出她。Rin被Sagar小队发现，Sagar争取到留Rin在A.R.C.工作的机会，并有了伪造的人类身份。
Aroma经历了车祸，濒死之际Noah利用自己的记忆移植技术和自己的老师Phoenix(也是Nora的养父)的身体改造技术，将Aroma的记忆移植入Kaori的身体，二者成为了PAFF，同时因为Kaori的身体对终焉病毒免疫，PAFF后期也觉醒了可以自由穿梭在精神网路的里世界，os空间的能力。
Neko经历了父亲的再婚结识了Xenon，并且在PAFF逃出家里时收留了她，带她寻找身世真相，PAFF的能力觉醒也在这个时候有所迹象。同时在她幼年还有一段联动曲包绊爱的剧情，结识了来自过去的虚拟偶像绊爱，提及了一代终焉病毒爆发的场景和二代的联系。
CP团成员中Xenon经历了传奇骇客x时期，父亲Kyle死亡后被A.R.C.招安，招安期间还有一段联动曲包Alice的剧情，进入了当初用于治疗Hans的晶片，之后因为Æsir事件入狱。Cherry因为父亲Luis的缘故接触到黑帮并且帮他们做过活路，Luis后因枪杀Kyle被捕，之后在ConneR的帮助下救出Xenon。Joe的舅舅Saxon是和黑帮有相当渊源的情报贩子，维系黑白两道的平衡，这期间Joe贪图报酬私自接了一笔生意，内容是偷渡Kaori的身体给Noah虽然当时他并不知情，Saxon死后Joe接过了他的工作，却因贪财无意中咬了管理局的饵，造成Node 08最大的黑帮Ando覆灭，后更是在崛起的Baro帮首领Diego的怂恿下抛弃底线参与违法交易，后来逐渐找回自我，在主角团寻找线索时在暗处提供帮助。
ConneR经历了父亲Colin患病导致家庭分崩离析，后和学生时代的仰慕对象Sasha重逢，想利用她积累资金，期间也利用了还是传奇骇客时期的Xenon。后开始追查当年父亲所在的探勘小队Wolf-01遇袭和家族真相。(Wolf-01当年是被残存的建造者袭击导致全灭)和Sasha分开后有一段联动曲包Hans的剧情，在帮助Hans找回过去记忆的途中发现他是来自旧世代的人类。
Sagar经历了进入探勘队，认识了小队的伙伴后来成为eagle-01队长，挖掘出停机中的Rin庇护她，追查反科技组织Light，追查ConneR并在对方的指引下发现自己的父亲Luka的死亡地点。
Nora经历了被亲生父亲贩卖给玖凰会换钱，在实验中废弃后被发现可以免疫终焉病毒，玖凰会的创始人Phoenix便留她继续研究，后产生感情当做亲生女儿照顾，这期间Nora创造了ROBO，发现自己可以观测精神网路中的数据，这个能力被资助玖凰会的土竜用来给人做预言卖钱。Phoenix死后Nora带领玖凰会成长为和土竜平起平坐的组织。后和在os空间徘徊的PAFF取得联系。同时在Nora带领玖凰会期间有一段联动曲包Miku的剧情，结识了被废弃的Miku数据并帮助她回传回主机，这个剧情同时补充了Kaori曾经在的孤儿院的历史。
ROBO被制造出来保护Nora和Phoenix的安全，在ROBO意外杀害Node 03的管理局长Lam和虎盛堂的堂主后，Nora将自己作为筹码换取ROBO平安离开Node 03去了08。这期间结识了隶属管理局，且后来被挖去A.R.C.负责网络安全工作的Mark一起解决了流通在精神网路的电子毒品Tequila事件。在iM上成为了热门音乐人，某次回溯机体内记录时发现自己来自Node 03并回去寻找身世。在这期间还有一段和联动曲包Kaf的剧情不涉及主线。

此后便是剧情高潮的701-702时间。Ivy在试图救出Vanessa的途中，她的行为引发人类世界一连串的混乱，期间立场动摇并最后决定不伤害人类，并向主角团寻求帮助一起阻止暴走的Vanessa。主角团中最先发现一连串的网络袭击事件有蹊跷的是ConneR，他四处奔波寻找线索最后和众人取得联系。这期间Violette和黑V达成表面合作，中途被委员会之一的Leo背叛夺权，最后只剩一只眼睛还能运作，之后黑V打算利用各个Node的天气系统散播终焉病毒彻底毁灭人类，A.R.C.的机体ARCI也因为她的意识四处暴走，主角团汇聚后最终Ivy独自前去Vanessa所在library，就要唤醒Vanessa时被枪杀，导致Vanessa的彻底暴走，PAFF便代替Ivy阻止Vanessa。
最后是结局，分两个：
Ge结局，也就是好结局，PAFF选择阻止Vanessa的情况，一切回到正轨，但A.R.C.的新任总管Leo隐瞒真相依旧开发精神网路，并且Ivy是新的主机，镜头特写是ARCI工厂下闭着眼睛的机体们，似乎还有潜藏的灾难就要爆发。
Te结局，也就是真结局，PAFF没有选择阻止Vanessa，黑V成功让终焉病毒散播，所到之处无人生还，若干年后留下一片片废墟，还有存活的大概就是没有天气系统的Node 13。
根据5.0的pv大概猜测下是延续ge剧情，看起来是ARCI机体再次暴走，起因可能是Ivy又或者是残存的黑V意识，具体就看5.0了

回吧主的问题：有可能，opV苏醒时的一些章节曲只显示了废墟，没有说明环境问题，α中有一个描写病毒肆虐的文档也是某个人写于记忆转移前夜。但至少在opV发现真相并决定解冻人类的那个时候，病毒浓度已经下降到适合人类生存的程度了，可以从档案和章节曲中看出人类解冻后的新世界呈现出欣欣向荣的景象。

就在这儿更新算了，5.0的碎碎念，强剧透注意，多半是最后一次了。
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先讲讲一些主要角色吧，首先是PAFF的剧情，如她所言她在os里碰见的人是Vanessa的残存档案，确切来说是人类的Vanessa而不是operator的V，她身着实验服的外貌(和绊爱剧情中人类Vanessa形象一致)，还有说“(operator的)V的选择没有错”都是证明。这个一代Vanessa说的话也让人玩味，大概就是眼见不一定为实，我们现在看到的结局，无论是ge还是te都有可能只是某个电子脑中的一场梦罢了，类似为了治疗Hans而在晶片中构筑出了一个有小女孩Alice和Celia的世界，还挺虚无的。其实也就像当初1代很多人猜测新世界前篇是operator的V杀了冷冻舱的人类迎来新纪元一样，结果在α中说明那只是V做的一个梦，还有二代刚出的时候很多人猜测这是个纯电子世界没有现实。其实主要还是当时信息不够的问题，反正只要有那个想法剧本想怎么编怎么绕都能做得到啦读者玩不过的)我现在也只是根据已有的信息做大概的推测，万一日后别人又加个什么设定那前面的猜测就可能全部推翻，所以也不用太纠结。
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Sagar和Rin看样子是被ConneR“拐骗”去封锁区挖掘历史了，同时也是该作首次提到了一代和二代之间的断层问题，就ConneR的本事而言估计将来补全这段空白的人就是他们了，当然前提是还有后续的话。Sagar接受了ConneR邀请的话估计是退了探勘队，同时还说了一句和小时候得知他爹Luka死后一样的话“天空的外面”，也算首尾呼应了。
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ROBO包，就是Nora修好了ROBO，os中把Nora看到的ROBO和小时候的Nora影像重叠其实也可以看作有点深意在里面，首先PAFF包就表示了os中所有数据都是可以演算的，形体也只是不同时期的样貌，但为什么ROBO会把自己的形象演算出和小时候的Nora重叠，因为ROBO这个机体的逻辑是根据Nora的资料库做出来的，当初我也是用原作中写的镜像关系来形容他俩，现在想想其实本质来讲镜像也不太对，而且也不太算双生子，真要说的话就像二号机可以说是Ilka的一个if一样，ROBO其实也是Nora的一个if，是她自己的另一种可能，在她的道德观世界观不变的情况下，在她没有处在黑帮那种身不由己的环境中的话她可能会过什么样的生活。所以为什么Nora当初甚至直到唤醒ROBO的前一刻都非常希望ROBO能远离自己去生活，ROBO承载的是Nora对活在干净的世界的希望，同源的ROBO能快乐的话那就相当于Nora自己也是可以快乐的。
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Neko包的话，讲最多的是当初被Ivy救的小女孩Vivi，然后Ivy包里被Vicky抓拍的也是她，看得出挺像而且还抱着兔子。Xenon包主要讲了黑帮未来可能的重组以及对Cherry的怀念没什么大的部分。

然后重点分析一下Ivy那部分的剧情吧。首先从os中看得出来世人在围绕着精神网路的重启与否问题争执，Node 13也像我之前说的那样是个避难所，因为没有精神网路没有天气系统不容易出事，所以一部分反对科技的人移民去了那个地方，至于还有提到的Node 07那要在以前的ROBO的Tequila事件中找【ROBO.698.07.05】，反正原型是一个类似墨西哥的地方，因为盛产龙舌兰酒嘛。Call来的那个电话可以看做是制作组对玩家的提问，毕竟图标就是team cytus，包括5个问号和他以一种纵观全局的说话方式都一致，还顺便表达了各位随便猜各位猜的都可能对的意思。
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最关键的是结局动画，和3.0一样分了两种选择：
点note，玩家就可以看到Ivy和Vanessa的重逢剧情，我也不知道是什么怎么回事大概就是想贴一下)或者可以理解为玩家选择接受这个世界的好结局，遂制作组也给了该作戏份最多的女同安排一个圆满的机会。
不点note，你可以理解为制作组带大家去看真相，就像他在电话中说了A.R.C.恐怕已经在私自启动精神网路，结合Ivy被吊制在ARCI工厂的处境来看应该是真的，同时还能看到Ivy濒临破碎的启动档案和手指动了动。Ivy没死很合理，早在4.0甚至3.0的剧情就讲过建造者的弱点，一个在胸口一个在后脑勺，Ivy是正面受到的枪击后脑勺肯定没事，胸腔部分也没被打坏所以当然有重启的可能。
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在这之后会发生什么也只能猜测，20年3.0出的时候我是猜的ge总有一天还是走向悲剧轮回，最终依旧以te结尾，现在我也依旧这么想，只要还有人想用精神网路想用科技就无法真正改变，而且Leo还是在私底下用Ivy的核心搞精神网路，只不过还在等风头过去没启用罢了。结合制作组打电话时说的“机械中的神明可能是原本的他也可能不是”，还有那句wake up Ivy，有可能里面有一部分是没有被完全消除的黑V的意识，等到精神网络重启的那一天那又是一场灾难。
不过考虑到现在有ConneR他们在外寻找失落的历史，如果有一天他们发现一二代这中间也是一段重蹈覆辙的悲剧的话说不定可以彻底奠定人们不碰科技的观念，又或者找到了解决终焉病毒的办法，进而让人们不用再担心科技暴走的可能也不是没有。
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还有根据制作组的那句“这是第一次也是最后一次对话”来看，不出意外这应该就是最后一次主线更新了，Ivy那个问题后续还没说可能就留白。我觉得如果就此完结留着以后开启cy3的话也不是不行，可能就会通过延续Ivy的问题造成的后果或者延续te新开一个世界，就像cy2其实是cy1的Vanessa选择解冻人类后的新世界故事一样，会和前作留一点联系但人物这些应该都是新的，cy2相对1也算新框架了毕竟局限在一个地方也很难写出新东西。
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就这些吧，今后想到啥再补充。

以前写过的一些细节查找和碎碎念都在lofter里，id vaudreyv，感兴趣的可以去看看

Ivy的新歌Heroic Age，就是英雄们的时代，可以理解为献给阻止了灾难的英雄们，所以是全员的主题曲混编。
Xenon的新歌，Tiny Giant Goes To The Sea，听的话会发现这是一首很适合填词的歌，或者说，本身就像一首剪掉人声的伴奏，结合原作CP团的各位觉得再也不会找新主唱来看，也算是很符合剧情的一首歌。
Vanessa的新曲cocytus名字就是cytus这个系列的名字来源，古希腊神话中的冥界之河，悲叹之河(源自gulu老师某次回答的qa)。全作中后期的主基调就像各个角色像被命运的洪流裹挟着向前迈进，也和整个系列的悲情感相关，不过至少5.0现阶段的ge给出了一个还算美好的结局。时至今日系列的制作团队早已不是最初的成员和模样，即使这个系列有再开的一天恐怕也很难再有原本的风味，但俗话说留得青山在不怕没柴烧，只要人还活着就有各种可能，或许在某个遥远的将来，原组的各位会因各种原因再次集结，开发出一款精神续作也说不定呢