圣石第三章和前两章应该是隔了两年，此时卡农15岁，在第三章里卡农和第二团的蒙泽因以及赛达合作护送圣石，此时蒙泽因已经是大胡子形象，赛达也变成了长发。在第三章中，卡农等人首次与瓦吉那欧以及骸接触。
第四第五章紧接着第三章，在察觉到瓦吉那欧的存在以后，扎因决定让神乐用绵津见王族祖传的迦具土术士封印绵津见的瓮星，避免它被瓦吉那欧利用。使用迦具土术士本身对于神乐具有相当的危险性，考虑到魔枪对神乐的重视程度以及魔枪本身的睿智程度，扎因唯独没有把这次行动告诉魔枪。而瓦吉那欧却找上了魔枪，告诉了他扎因的计划，由于瓦吉那欧的诱导再加上魔枪本身的清奇脑回路，他决定杀死扎因。
在绵津见，神乐用迦具土封印了瓮星以后，神乐受到迦具土反噬，为了保住她的性命，扎因把她封印进圣石复制品里，此时魔枪正好赶到，二话不说杀死了扎因，扎因的领主剑也因此折断。扎因临死前越过其他团长任命卡农为下一任领主。
黎明在旁边目睹了这一切，他认为魔枪应该能成为他的同伴，于是选择跟随魔枪。

圣石第六章时间线是第五章的若干年后，圣石的缪娜外传应该也是发生在第五第六章之间。扎因死后圣教骑士团人心浮动，卡农为了重聚人心决定找克瑶极修复领主剑。在这段时间里，卡农招募了一个新人巴西尼，而绯炎骑士团的克洛伊也招募了一个新人维克塔。巴西尼出身沙漠地区，在加入圣教骑士团之前是一个杀手，并且参与过刺杀第七团团长拉琪娜。
拉琪娜是第七团唯一的成员，和卡农同龄，负责看守宗主国的傲慢圣石，基本不怎么与外界接触，只有每一任领主知道她的存在。卡农接任领主以后也和拉琪娜有所接触，并且成为了她唯一的朋友。后来拉琪娜因为傲慢圣石力量暴走而被吸入傲慢圣石内部，也就是真理之门后面的世界。
维克塔加入绯炎骑士团之前曾经在近卫骑士团和弗里兹共事过一段时间。弗里兹的女朋友是色欲国的夏娃，夏娃有一个表妹摩亚，并且也认识德内普。同时他的师父是迪尔加，迪尔加被愤怒国的多萝西娅暗恋着，而多萝西娅又认识阿斯瓦朵。
卡农和克洛伊带着巴西尼和维克塔去寻找克瑶极，路上丝碧卡伏击了他们试图为扎哈尔复仇，不过卡农最后感化了丝碧卡，丝碧卡选择追随卡农。
最后卡农见到了克瑶极的女儿缪娜，得知克瑶极已经死了。
在缪娜外传里，克瑶极和缪娜为了寻找一种稀有的材料铸造武器而找到了沙漠地区的占卜师乌兹玛。乌兹玛计算出克瑶极死期将近。在铸造完武器以后，克瑶极果然病逝，不过临死前也解开了乌兹玛的心结。
缪娜修复了领主剑，卡农得以重聚人心，缪娜也暂时住在圣教骑士团。

第七章中，瓦吉那欧撮合了狮子王和十戒众合作，打算发动狮子王的进击，打破世界力量平衡，让尼姆尔的灵魂能够附身狮子王。
十戒众来自失落之蓝，失落之蓝位于怠惰国首都地下的巨大空洞之中，聚集了来自于全世界的亡命之徒。十戒众的首领索尔想要成为失落之蓝的太阳，于是给自己起了罗马神话太阳神的名字，他打算将世界改造成丛林社会，以此让失落之蓝的人能光明正大地站在太阳下。在圣石里出场的十戒众总共有七人，包括首领索尔，四戒菲亚，五戒芙尤莉，七戒兹布娅，八戒阿哈特，九戒诺因和十戒泽恩，在后续的十戒众活动中又补充了二戒紫薇和三戒朱迪卡两人，并且讲述了七戒和九戒加入十戒众之前的故事。
目前已出场的十戒众中，四戒是一个黑暗精灵，五戒是绵津见人，在绵津见灭亡之前和贪婪国女将军利法是朋友，八戒是色欲国孤儿，曾经被索尔救过，并且喜欢索尔，十戒也是绵津见人，在绵津见灭亡时失去妻女，曾经被扎哈尔救过而加入影之梅萨亚，影之梅萨亚解散以后又加入十戒众。
二戒是贪婪国在失落之蓝建立的研究所中作为实验品的兽人，后来九戒摧毁了研究所救出了二戒。两人后来遇到索尔，索尔邀请他们加入十戒众，二戒同意加入而九戒不同意。二戒因为在研究所遭受的实验而时日无多，临死前希望九戒用能力吞食自己，九戒吞食二戒以后终于同意加入十戒众。
失落之蓝上空有一座浮空岛，岛上有一个异层塔，每一个十戒众都需要爬塔，爬塔之后能获得强大的力量，但是会失去一部分记忆和感情，九戒失去了关于二戒的记忆和同伴之情。

七戒表面上是愤怒国盗贼团团长的女儿，曾经被亚拉乌斯救过，因此对亚拉乌斯怀有憧憬。实际上她是贪婪国制造的亚拉乌斯克隆体，被植入了虚假的记忆。
三戒原本是贪婪国皇家卫队的成员，因为对贪婪国的作风不满而打算离开。贪婪国的僵尸刘枫认为三戒知道的东西太多，打算留下他。刘枫原本是色欲国人，不过从小就被抛弃，后来被贪婪国收留，成为贪婪国的士兵。后来刘枫自愿参加了不死士兵的实验，并且成为唯一一个成功的实验体，他一半的灵魂被封进真理之门，因此得到不死的能力。和三戒的战斗使得刘枫遭到重创，失去了大部分记忆。三戒和七戒加入十戒众后，三戒成为了七戒的师父。在爬塔之后七戒对亚拉乌斯的感情被扭曲，变成了纯粹想要战胜亚拉乌斯的欲望。三戒对十戒众和狮子王的合作感到不满，于是选择离开并且和索尔打了一架。

在这段时间里，斩月的宿敌铃鹿来挑战卡农，被卡农击败后选择追随卡农。神乐也苏醒过来，并且一瞬间变成了大人的体型。
魔枪和黎明来到贪婪国，听到了狮子王和瓦吉那欧的对话，狮子王让刘枫留下魔枪，但是并没有成功。
魔枪和卡农相遇，两人展开决斗，最后魔枪表面上被卡农砍死，实际上也被封印到真理之门后面。

第五章第二幕和战记第三章基本就是发生在这段时间了。神威在圣石时代苏醒以后，来到沙漠地区寻找塞菲隆之民幸存者。在沙漠地区神威遇到了霍克，霍克原本是沙漠贵族，身上有塞菲隆血统，在神树死后沙漠地区的炼金能量不断减少，沙漠人为了生存大多变得冷血，霍克希望能团结沙漠人建立一个统一的国家。在遇到塞菲隆之民幸存者卡尔拉以后，他放弃了贵族身份，和另一个他救过的佣兵巴尔特一起成立了沙漠自警团热砂之翼。霍克希望神威也能帮助自己，但是神威拒绝了。神威离开以后，十戒众的七戒和九戒来到沙漠地区寻找塞菲隆之民幸存者，为了保护卡尔拉，霍克独自引开两人并且因此被杀。
霍克死后，卡尔拉成为了热砂之翼的团长，继承了霍克的遗志。此时沙漠地区还有贵族和商人两大势力，代表人物分别是内菲尔提和濑路。根据念装暗示，内菲尔提身上也有塞菲隆血统，并且在暗中保护塞菲隆之民幸存者乌兹玛，不过其他贵族大多希望交出塞菲隆之民幸存者，所以在明面上乌兹玛也不好表态。
暴食国的加勒特和索菲，十戒众的七戒和九戒，以及骸三股势力同时进入沙漠追杀塞菲隆之民幸存者。在不知道对方身份的情况下，巴尔特和索菲相遇并成为了朋友。在几方决战的时候，濑路和副手安克，内菲尔提和弟弟拉美西斯，佣兵露西亚和雷修斯都来支援卡尔拉，索菲也因为不愿意和巴尔特战斗而自杀

神威遇到了变成老人的夏姆，他已经成为塞菲隆之民幸存者的族长，并且建立了一个隐秘的村子。之后神威和卡尔拉相遇，在他的牵线下，卡尔拉濑路和夏姆组成了果实采集者。
神威再次遇到了瓦吉那欧，瓦吉那欧已经舍弃了曾经教授给神威的慈爱炼金术，转而使用威力炼金术并攻击神威。
在狮子王的进击前夕，神威了解到了暴食国已经和贪婪国结盟，并且贪婪国并不打算对沙漠地区进攻。

巴尔特还在艾尔莉克的活动剧情里作为主要角色出场，濑路也有在里面打酱油，然后巴尔特的个人剧情也是和濑路的。濑路的个人剧情则是和拉美西斯，拉美西斯是和雪赫拉莎德。
雷修斯的活动剧情剧情就是他寻找露西亚的故事，德内普在里面也有出场。露西亚还在尤特的活动剧情里出场过，当时他身边没跟着雷修斯，应该时间线比较早。阿尔巴也有在尤特活动里出现，他还和琪露露以及奥尔加有故事。

色欲国方面，根据主线第三章后续活动中梅莉的说法，色欲国是在主线两百多年前建国的，大概是神威时代之前。之后第一代女王因为结婚生子而失去魔力，被二代女王篡位。二代女王向色欲圣石许愿让魔女结婚生子后也能保留魔力，而男人则会因此在有孩子以后变成虫子。之后色欲国因此发生暴动，二代女王被推翻杀死，后来她的女儿比那斯又重新夺回王位，色欲国男性的地位从此一落千丈。
欧提玛一出生就被视为恶魔而抛弃，后来在失落之蓝获得了“失落之蓝的英雄”的称呼，再之后因为被扎因所救而加入圣教骑士团。八戒因此想要劝说欧提玛加入十戒众，不过欧提玛不为所动，一直坚持到神乐赶来将八戒击败。在八戒即将被神乐烧死的时候，索尔出手救走了八戒。
傲慢国方面，卡农砍死了五戒。

第二阶段是由七戒和九戒组队进攻撒加，在撒加七戒主动和亚拉乌斯单挑，最终落败而死。随后索尔亲自出手杀死亚拉乌斯，赛达和欧提玛为了掩护神乐逃走也死在索尔手下。
狮子王和剩余的十戒众集体出动直扑傲慢国，绯炎骑士团和苍炎骑士团则帮助圣教骑士团一起防守。斩月一个人跳出来阻拦狮子王，结果被狮子王干掉。
魔枪突破了真理之门的封锁重新回到现世与黎明汇合，扎哈尔和卡达诺巴也以幻影兵的形式和他一起出来了。
十戒众中的十戒最先出现在傲慢国，他的异次元转移能力让众人陷入苦战，扎哈尔以失去理智为代价击败了十戒，随后丝碧卡忍痛杀死了扎哈尔。
之后是众人一起迎战索尔，八戒和九戒三人，卡农召唤出幻影兵亚拉乌斯，赛达和欧提玛助战，黎明牺牲自己引索尔露出破绽，魔枪给了他致命一击，同时欧提玛解决九戒，丝碧卡解决八戒，八戒临死前对索尔进行了告白。
最后卡农和魔枪对战狮子王，卡农开启了超命术式并且召唤出扎因助战，扎因表示自己不怪罪魔枪。因为狮子王干掉了艾梅尔转世，所以尼姆尔拒绝附身狮子王，令他被卡农击败。
卡农生命即将燃尽，魔枪也即将失去理智，于是两人展开决斗并且把卡农托付给巴德照顾。最终卡农压制住了魔枪，在任命巴西尼成为下一任领主以后带着魔枪进了真理之门。

圣石剧情之后，刘枫去了色欲国，并且和珀琳相遇，风早回到绵津见和姐姐重聚，铃鹿应该是暂时留在嫉妒国，并且在雪娜的帮助下提升女子力。缪娜成为了著名铁匠，丝碧卡一个人在森林隐居。
绯炎骑士团之后有个后续活动，妮娜在杰拉特死后继任为副团长，娜塔莉则致力于教育维克塔，克洛伊换上了念装里被莲吊打时穿的服装，莲应姐姐的要求回到绵津见。
巴西尼成为了第十二任领主，后来在和骸的对抗中失败而失踪，神乐和巴德一起生活在嫉妒国，后来和巴德结婚，后代便是洛基。

巴贝尔战记第四章发生在圣石剧情之后，阵再一次回到绵津见，并且和莲相遇。黄泉得知阵回来以后也回到绵津见追杀阵，贪婪国也派了亲绵津见的女将军利法到绵津见，利法找到黄泉试图改善绵津见和贪婪国的关系。
笼紫家族的盟友柴闪光家族在黎明死后已经灭绝，贪婪国又扶持了前柴闪光的家臣建立了新的柴闪光家族，表面上协助黄泉追杀阵，实际上是要背刺黄泉，从而激活寄宿在她体内的鬼。
阵设法让黄泉体内的鬼转移到自己身上，随后自愿被黄泉杀死。不过阵死后鬼并没有一起死去，而是控制了阵的身体。神乐也暂时回到绵津见，御三家重聚一起将鬼封印。

后圣石时代
后圣石时代时间线上是圣石时代的数十年后，在这一时期巴西尼已经失踪，骸完全控制了圣教骑士团，瓦吉那欧也成为了巴贝尔圣教会的一名主教。巴贝尔圣教会内部出现了另一支制约圣教骑士团的势力异端审判官。
后圣石时代目前剧情不多，最主要的剧情是巴贝尔战记五章下篇，它是米莉修活动的直接后续。
根据米哈尔，露菲亚以及拉维娜三人的简介以及露菲亚和拉维娜的个人剧情可以得知三人的关系。米哈尔和露菲亚都是色欲国的宫廷魔导士，两人是同事关系。拉维娜小时候曾经因为魔力暴走毁掉了村子，之后米哈尔和露菲亚帮她控制住了暴走的魔力，之后拉维娜一直和两人住在一起，并且非常喜欢露菲亚。
在米莉修活动剧情中，露菲亚发现了远古时代遗留下来的遗迹和魔人。之后她和米莉修相遇并成为朋友，在两人分别以后，露菲亚因为遗迹的事情而被骸派来的刺客暗杀。异端审判官雪莉露将刺客制服，并且将露菲亚送回住处。
露菲亚在遇刺以后实际上已经死了，米哈尔只能用拉维娜的魔力暂时让露菲亚作为活死人活动。雪莉露将刺客扭送异端审判官，不过背后的骸反咬一口，同时派人追杀雪莉露和露菲亚。为了躲避追杀同时调查圣教骑士团背后的真相，雪莉露带露菲亚去怠惰国寻找她的义妹卡拉吉，路上遇到了从远古时代穿越而来的尼克斯。
雪莉露走后，骸的刺客攻击了露菲亚的住处，米哈尔被杀，拉维娜依靠暴走逃出生天。在怠惰国，雪莉露将露菲亚和尼克斯安置在卡拉吉家，此时自我封印了数十年的卡亚也苏醒过来，和雪莉露相遇。
雪莉露等人被召唤到一个特殊的空间，与来自圣石时代的阿尔贝尔，威尔海姆以及尼克斯的姐姐梅拉相遇，一起团灭了在场的所有骸。
之后雪莉露向异端审判官反应了骸的存在，瓦吉那欧和骸重新转入地下活动，梅拉教授给露菲亚时间魔法，让她能以一种特殊形式存在并且得以与米莉修再次见面。

五章下篇的出场人物中，米莉修还出现在泰蒂斯的个人剧情里。
米哈尔还出现在德里佩特和赛丽亚兹的活动剧情里。德里佩特活动里，米哈尔的同事弗拉梅尔因为身为奇美拉而拥有与动物精灵交流的能力，但是后来却在逐渐失去这种能力，于是来到撒加接受德里佩特的教导，最后德里佩特预言她和弗拉梅尔不会再相遇了。弗拉梅尔在撒加期间曾经在午睡时受到梅尔达骚扰，梅尔达在圣石里也有出场，此时应该已经是bba了。
在鲁比娜斯的个人剧情里，德里佩特作为撒加的使者访问色欲国，时间线应该是在活动之后，如果这时候弗拉梅尔还没死的话，理论上他们还有再次相遇的可能性。
赛丽亚兹活动里，赛丽亚兹是一个宫廷魔导士的实验品，后来从实验室逃脱，并且和米琪埃莉结识为朋友。最后米哈尔出面让赛丽亚兹获得自由之身。在米琪埃莉个人剧情里，她还和艾妮丝成为了朋友。