雪莉露的义妹卡拉吉似乎和雷根保持着某种特殊的关系。在她小时候的回忆里，他老爹曾经和当时还是新人佣兵的哈泽鲁握过手。
哈泽鲁和布因圣特的女仆卡萝是朋友。在达尔达尼央活动剧情里，达尔达尼央出使怠惰国，由米基斯特斯，阿弥丝和布因圣特负责接待她。
在贝尔塔活动剧情里，夏萝提到过，妮娜在后圣石时代已经成为一代传奇，而达尔达尼央是妮娜之后的绯炎骑士团副团长。夏萝因为憧憬妮娜而想要加入绯炎骑士团，不过最后因为贝尔塔而放弃了。根据某个副本暗示，达尔达尼央似乎在主线时期依然活着。此外达尔达尼央还在菲尔莉莉的个人剧情里有出场

主线时代
第一章20多年前，此时刹那还是绵津见的贵族大小姐，这时候绵津见发生了某件大事，刹那因此失去了家人和恋人。唐和埃德加此时是佣兵伙伴同时也是一对损友。怠惰国爱德华市长手下的科学家被黑手党杀死，爱德华市长收编了唐并扶植他成为黑手党老大以控制黑手党，令科学家的儿子阿尔布雷斯对爱德华怀恨在心。
第一章17年前，愤怒国屠杀本国人民并且抽取他们的血炼制贤者之石用于施展炼金术，布兰切特所在的村庄被代号为狼的部队屠灭，只有她一人幸存，布兰切特从此患上了狼ptsd。愤怒国三杰之一冰蛇将军内维尔的部下弗里德经常造访孤儿院，对布兰切特产生了兴趣，两人感情不断升温。
愤怒国的战场之花安娜塔西亚结识了刹那，两人约定下次一定会再见面的。安娜塔西亚还和格兰兹以及一直活着的刘枫关系不错。
嫉妒国的血狼吉克以愤怒国滥用炼金术为由带兵攻打愤怒国，愤怒国的冰蛇将军内维尔，魔炎将军卡伊扎尔以及战场之花安娜塔西亚先后战死。狼部队趁机攻击孤儿院想要将布兰切特灭口，弗里德把自己的贤者之石送给布兰切特，然后在战场上主动被吉克杀死，化身幻影兵保护了布兰切特。
愤怒国灭亡，王族也被屠杀，吉克收养了唯一幸存的公主阿加莎，这一事件被后世称为愤怒的开端。格兰兹以及轰雷将军弗拉德在战后依然存活。

第一章前夕，萨巴雷和瓦妮琪斯试图发起叛乱重建愤怒国，为此萨巴雷炼制了贤者之石，还找到了内维尔和卡伊扎尔的遗物来将他们炼成幻影兵，并且还发现了远古时代遗留下来的魔人，以此和弗拉德达成合作。在这个过程中瓦妮琪斯的身份被嫉妒国识破，瓦妮琪斯因此身死。
瓦妮琪斯生前和胜美关系很好，胜美和格鲁马拉斯是对手关系，托马斯崇拜格鲁马拉斯，他们差不多都是这一时期的人物。
愤怒国复国叛乱后，吉克派洛基和迪奥斯去平叛，并且让他们加入圣教骑士团获得炼金术的使用权。洛基和迪奥斯用炼金术击败了弗拉德，萨巴雷为了更好地控制弗拉德而对他见死不救，让他被洛基和迪奥斯杀死然后自己再把他炼成幻影兵。
弗拉德死后，萨巴雷现身并且召唤了愤怒国三杰的幻影兵，后来又释放出魔人。迪奥斯和洛基打不过魔人，洛基想要通过嘴炮感化萨巴雷，迪奥斯则想要解锁暗之力以获得更强大的力量。
一个圣教骑士在迪奥斯身上看到了自己死去儿子的影子，于是对迪奥斯多有照顾，最后为了保护迪奥斯而与一个魔人同归于尽，不过并没有感化迪奥斯，他依然为了解锁暗之力献祭了一条手臂和自己的智商。
嫉妒国的丞相加比隆德实际上是骸安插在嫉妒国的暗桩，他看到迪奥斯变成睿智觉得可以利用，就蛊惑他说一切都是吉克的阴谋。
吉克对灭亡愤怒国一事一直心怀愧疚，他公开了阿加莎公主的身份，并且和萨巴雷达成协议，让愤怒国作为自治领而存在。
迪奥斯依然想要杀死萨巴雷，因此听信了加比隆德的话，萨巴雷留下阻挡迪奥斯，因此被迪奥斯杀死。
加比隆德刺杀了国王，吉克为了避免阿加莎体内的愤怒圣石被人利用，想要杀死阿加莎，被追上来的迪奥斯看到，于是迪奥斯又干掉了吉克。
洛基与迪奥斯展开决斗，阿加莎为了阻止两人决斗，被两人同时刺中，之后被体内的圣石传送走不知所踪，迪奥斯认为这都是洛基的错，想要把洛基一起干掉，洛基抓住了国王的剑，被剑里的嫉妒圣石传送走。
骸控制了整个嫉妒国，因为协助骸实现阴谋的功绩，迪奥斯升职为圣教骑士团第四团团长。
洛基在逃脱后陷入迷茫，神威炼成了他的师父刹那来教导他，令他有所成长。

第二章发生在第一章至少三年后，地点是在怠惰国首都。怠惰国首都原本已经沉入地下了，不过后来地下出现了一座维达异层塔，把它重新顶回了地面，因此在地下形成了一个巨大的空洞，也就是后来的失落之蓝。第二章反派阿尔布雷斯想要利用怠惰圣石的力量让首都重新沉入地下，把失落之蓝压扁，因此达到根除罪恶的目的。爱德华市长拒绝交出怠惰圣石，于是阿尔布雷斯杀死市长，并且打算强娶市长的女儿菲欧娜，通过她来找到怠惰圣石。在婚礼上，埃德加出手救走了菲欧娜。
黑手党老大唐因为自己也是市长的部下，同时看埃德加不爽，所以打算抢回菲欧娜由自己保护，不过最后唐和埃德加还是搁置争议一起合作了。
埃德加和菲欧娜破解了市长留下的谜题，得知怠惰圣石就在菲欧娜的玩偶菲尔体内，并且菲尔的自我意识就是怠惰圣石赋予的。
阿尔布雷斯决定处死菲欧娜的管家伊森，以此逼迫埃德加交出怠惰圣石，埃德加等人试图救出伊森，结果反而被摆了一道。
三年后的洛基成为了由苍炎骑士团和蜥蜴旅团幸存者组成的义勇军苍之团的领袖，他打算假意和阿尔布雷斯合作，然后伺机夺取怠惰圣石，不过在和埃德加交手以后，洛基决定相信埃德加。埃德加把怠惰圣石交给了阿尔布雷斯换回伊森的性命，而阿尔布雷斯利用圣石的力量把自己改造成了半机器人。
唐很早就意识到自己可能要拯救世界，于是画了二十年的时间在自己的机械臂里积蓄炼金能量，现在他打算释放这股能量一击了结阿尔布雷斯，不过由于埃德加乱入，炼金能量都被释放到了地上，不过也干扰了阿尔布雷斯的行动，给埃德加创造了机会，让他得以解决阿尔布雷斯。
菲欧娜成为了下一任市长，洛基的苍之团也留下协助怠惰国重建，在这段时间里，洛基和埃德加的感情加深，于是洛基请求埃德加和自己一起去色欲国。埃德加同意了，用自己的摩托车载着洛基一起去色欲国，在路上和迪奥斯擦肩而过

在潜入色欲国的时候，埃德加被女王抓住并且脱光了衣服扔进地牢。
第三章紧接着第二章，主角是色欲国的莉兹贝特。栗子是色欲国魔法学校里的差等生，母亲经营着酒馆，并且有一个喜欢八卦的朋友阿尔玛。
色欲国男尊女卑，并且还有变虫诅咒，男性在有了孩子以后基本就会因为诅咒而变成虫子，虽然也有米哈尔这种连孙女都有了还好好的特例。
根据第三章以及后续活动的说法，变虫诅咒是二代女王许愿导致的，不过在神革第二章里的说法却是梅拉和尼克斯的师父禁欲魔女为了控制色欲罪域的人口不让色欲罪兽觉醒而施加的。
在母亲的酒馆里，栗子目睹一个父亲已经变成虫子的婴儿即将死去，自己却无能为力，这时候乌洛波洛斯和栗子签订了契约，让她获得了和别人分享生命力的炼金术，于是栗子用自己的生命力救活了婴儿。
因为有炼金术加持，栗子的战斗力飙升，引来了千金大小姐瑞贝卡的注意。在学园祭上栗子和阿尔玛打赢了瑞贝卡，于是瑞贝卡也成了栗子的朋友。
迪奥斯作为圣教骑士团的使者来到色欲国，栗子对迪奥斯一见钟情。沙莫洛因为不满色欲国男尊女卑的现状，于是起义打算推翻女王，栗子想要阻止沙莫洛和宫廷魔导士的战斗，结果被双方同时视为敌人。
栗子和迪奥斯通过地下潜入王宫，顺便从地牢里救出了埃德加。迪奥斯想要通过埃德加得知洛基的下落，不过埃德加拒绝透露。
沙莫洛被栗子感化，为她挡下了女王的致命一击，女王用色欲圣石的力量变成怪物，不过还是被栗子打败。之后由于圣石力量的反转，栗子分享给沙莫洛的生命力得到强化，让他得以复活。
栗子为了解开变虫诅咒而去了撒加，女王在被栗子打败以后已经半退隐并且选择了瑞贝卡作为接班人，阿尔玛则在空中部队教官梅莉手下修行。
因为阿尔玛和梅莉的打赌，梅莉告诉了阿尔玛和瑞贝卡两百年前的故事。两百多年前初代女王建立了色欲国，之后二代女王篡位并且抢走了初代女王的老公。阿尔玛是初代女王的后人，而现任女王是二代女王的女儿。梅莉和瑞贝卡的祖母当年都是女王的好友，她们帮助女王夺回王位。之后瑞贝卡的家族逼迫祖母篡位，于是女王杀了她。
在现在的时间段，瑞贝卡的家族又想篡位了，于是瑞贝卡，阿尔玛以及复活的沙莫洛一起打败了他们。这一段故事实在是槽点满满，首先是色欲国女性的寿命问题，女王两百多岁了还可以说是圣石影响什么的，结果梅莉也活了两百多岁，瑞贝卡的母亲起码也一两百岁了。
其次，瑞贝卡这个家族过于睿智，且不说当年从功臣到反贼的华丽转变，现在瑞贝卡都要当下一任女王了，他们还造反图的是什么。另一个重点在于，当年女王都杀了祖母了，却没有把背后的家族灭族，两百年后他们还是名门，并且还又造反了一次，也不知道是怎么想的

在神革剧情中，神狼亚赛纳在远古时代就已经是塞菲隆之民的守护兽了。它同时是由龙的精神所化，当亚赛纳死去，沉睡的龙就会苏醒。因为尼姆尔在就任族长的仪式上说出了大逆不道的话，神派黑骑士将亚赛纳感染黑化。于是尼姆尔等人只能杀死亚赛纳，亚赛纳临死前把自己的力量化为四块玛塔交给艾梅尔。
艾梅尔后来应该是用这四块玛塔建立了撒加地区，四块玛塔分别由四大精保管，后来演化成了四大部族，亚赛纳后来也再次复活并且成为了撒加的守护兽。
圣石时代的四大精是水大精波达，风大精阿里亚，火大精弗乌和土大精泰雷。阿里亚的孙女赛达加入了圣教骑士团。狮子王的进击时期，十戒众的七戒死在撒加以后，索尔亲自出现在撒加，令亚拉乌斯，欧提玛和赛达先后战死，阿里亚为了保全撒加，主动把玛塔交给了索尔。事后，阿里亚认为自己的做法违反了撒加的规则，于是让弗乌杀死自己，并且把自己的部族包括另一个孙女交给弗乌保管。弗乌为了保全阿里亚的名誉，隐瞒了事情的真相，让崇拜阿里亚的泰雷对他颇为怨恨，剩下三大部族之间的隔阂大大加深。
阿里亚死后，风之力就失传了，直到一百年后的主线时期，水部族的蒂娜，阿里亚的后裔摩卡和土部族的雷加三人先后觉醒了风之力。这时候亚赛纳的力量已经很虚弱了，无法压制已经黑化的龙，于是泰雷联系了暴食国的将军，同时也是伊西德和玛尔塔后代的奇波尔，让他带兵攻打撒加，趁此机会杀掉亚赛纳，提前释放出还没完全觉醒的龙，然后再把龙杀掉。
在进攻撒加的时候，奇波尔杀掉了蒂娜的父亲水部族族长，摩卡救了蒂娜，不过自己被暴食国制造的杰姆伤到并且因此受了感染。栗子在这个时候也来到了撒加协助蒂娜。
蒂娜和摩卡因为风之力而拥有了预见未来的能力，看到了奇波尔杀死亚赛纳的场景。为了对抗奇波尔，他们打算联合三大精的力量。水大精波达非常配合，之后又花了不少功夫说服顽固的弗乌，泰雷因为自己就是主谋所以不可能配合的，他让蒂娜和摩卡去参加风之力的试炼，同时派出了雷加协助。在这段时间里，奇波尔已经杀掉了亚赛纳，龙苏醒过来。蒂娜等人没有办法，只能跟着泰雷和奇波尔一起屠龙。在牺牲了奇波尔和三大精以后，蒂娜干掉了龙，之后因为暴食圣石的力量，已经领了便当的奇波尔和三大精又活了过来。
不过摩卡身上的杰姆感染并没有解除，为了解毒，蒂娜带着摩卡前往沙漠地区寻找果实采集者，栗子则留在撒加，在水大精手下修行。

神威时代克里克迪斯篡位以后，依靠不断吞噬别人的生命一直活到现代，他自己已经隐居幕后垂帘听政，把自己的后代推到前台作为傀儡。现在的傀儡是塞里奥.克里克迪斯四世，他无法忍受自己祖先的残暴统治，派了自己的恋人，同时也是奇波尔表妹的玛丽到沙漠地区联系反抗军准备推翻自己祖先。
在这几百年中，有一部分塞菲隆之民为了复活神树而投靠克里克迪斯，他们被称为睿智者。睿智者们舍弃了自己的肉身，把意识附着在克里克迪斯制造的杰姆上，以此和克里克迪斯一起永生。
绵津见的武士天音为了寻找拥有绵津见王室血脉的洛基，先后拜访了埃德加，迪奥斯和栗子三人，并且和他们各打了一架，和埃德加是因为他坚决不肯说出洛基下落，和迪奥斯是因为迪奥斯一听到洛基的名字就激动，和栗子是因为提到了迪奥斯让她以为是情敌。最后埃德加从追杀天音的神秘人手上救了天音，和她一起去绵津见等洛基。
此时的洛基带着苍之团在沙漠寻找果实采集者，并且和蒂娜以及摩卡相遇。洛基和蒂娜找到了神威，神威带着洛基进入真理之门，救出了被封印在这里的阿加莎，不过阿加莎已经失去了过去的记忆。
迪奥斯因为圣教骑士团的任务也来到沙漠，并且找到了洛基的营地想要杀掉洛基，然而这时候迪奥斯已经打不过洛基了。不过洛基完全不恨迪奥斯，不仅没有杀他还单方面原谅了他。神威为了开导迪奥斯，召唤了吉克让他又杀了一次。
之后迪奥斯回到圣教骑士团驻地，另外三主角和反抗军合作进攻暴食国首都，然而暴食国首都的人已经被克里克迪斯吞食殆尽，只留下一座空城，神威一进来就被无穷无尽的杰姆包围，利用从索尔那里学到的空间转移才勉强逃过一劫。睿智者趁机偷家抓走了玛丽。
克里克迪斯和睿智者打算在塞菲隆村庄遗址用玛丽作为容器举行仪式，而神威等人发现了杰姆害怕石灰的弱点，于是也赶来准备阻止他们。睿智者觉得克里克迪斯已经没有利用价值于是背刺了他，但是克里克迪斯不仅没死还反杀了睿智者。为了救玛丽，奇波尔受了致命伤，于是神威用禁术把他的身体直接炼成了幻影兵。
在圣石时代，蒙泽因使用超命术式以后，神威在他临死前赶到用同样的禁术把他直接炼成了幻影兵，因此蒙泽因得以一直活了一百多年。
神威把克里克迪斯拖进真理之门，在里面召唤了伊西德，一起彻底终结了克里克迪斯，不过神威也用光了神树的力量，身体即将消散。乌洛波洛斯觉得能在神威身上看到更多可能性，于是和他签订了契约，让他得以继续维持自身存在。不过失去了神树力量的支持，蒙泽因和奇波尔即将消散。在消散之前，蒙泽因让洛基前往绵津见。
塞里奥将暴食国的体制改为了共和制，洛基带着阿加莎去了绵津见，埃德加和天音正在绵津见等他。克里克迪斯死后摩卡身上的污秽也得以解除，于是蒂娜和摩卡又回到了撒加。