神威时代克里克迪斯篡位以后，依靠不断吞噬别人的生命一直活到现代，他自己已经隐居幕后垂帘听政，把自己的后代推到前台作为傀儡。现在的傀儡是塞里奥.克里克迪斯四世，他无法忍受自己祖先的残暴统治，派了自己的恋人，同时也是奇波尔表妹的玛丽到沙漠地区联系反抗军准备推翻自己祖先。
在这几百年中，有一部分塞菲隆之民为了复活神树而投靠克里克迪斯，他们被称为睿智者。睿智者们舍弃了自己的肉身，把意识附着在克里克迪斯制造的杰姆上，以此和克里克迪斯一起永生。
绵津见的武士天音为了寻找拥有绵津见王室血脉的洛基，先后拜访了埃德加，迪奥斯和栗子三人，并且和他们各打了一架，和埃德加是因为他坚决不肯说出洛基下落，和迪奥斯是因为迪奥斯一听到洛基的名字就激动，和栗子是因为提到了迪奥斯让她以为是情敌。最后埃德加从追杀天音的神秘人手上救了天音，和她一起去绵津见等洛基。
此时的洛基带着苍之团在沙漠寻找果实采集者，并且和蒂娜以及摩卡相遇。洛基和蒂娜找到了神威，神威带着洛基进入真理之门，救出了被封印在这里的阿加莎，不过阿加莎已经失去了过去的记忆。
迪奥斯因为圣教骑士团的任务也来到沙漠，并且找到了洛基的营地想要杀掉洛基，然而这时候迪奥斯已经打不过洛基了。不过洛基完全不恨迪奥斯，不仅没有杀他还单方面原谅了他。神威为了开导迪奥斯，召唤了吉克让他又杀了一次。
之后迪奥斯回到圣教骑士团驻地，另外三主角和反抗军合作进攻暴食国首都，然而暴食国首都的人已经被克里克迪斯吞食殆尽，只留下一座空城，神威一进来就被无穷无尽的杰姆包围，利用从索尔那里学到的空间转移才勉强逃过一劫。睿智者趁机偷家抓走了玛丽。
克里克迪斯和睿智者打算在塞菲隆村庄遗址用玛丽作为容器举行仪式，而神威等人发现了杰姆害怕石灰的弱点，于是也赶来准备阻止他们。睿智者觉得克里克迪斯已经没有利用价值于是背刺了他，但是克里克迪斯不仅没死还反杀了睿智者。为了救玛丽，奇波尔受了致命伤，于是神威用禁术把他的身体直接炼成了幻影兵。
在圣石时代，蒙泽因使用超命术式以后，神威在他临死前赶到用同样的禁术把他直接炼成了幻影兵，因此蒙泽因得以一直活了一百多年。
神威把克里克迪斯拖进真理之门，在里面召唤了伊西德，一起彻底终结了克里克迪斯，不过神威也用光了神树的力量，身体即将消散。乌洛波洛斯觉得能在神威身上看到更多可能性，于是和他签订了契约，让他得以继续维持自身存在。不过失去了神树力量的支持，蒙泽因和奇波尔即将消散。在消散之前，蒙泽因让洛基前往绵津见。
塞里奥将暴食国的体制改为了共和制，洛基带着阿加莎去了绵津见，埃德加和天音正在绵津见等他。克里克迪斯死后摩卡身上的污秽也得以解除，于是蒂娜和摩卡又回到了撒加。